Parse .csv file from MMsplice output as data.frame
parse_mmsplice(infile)path to a .csv file, the output of MMsplice
a tibble with one row per variant and affected exon.
in_file <- system.file("extdata", "mmsplice_pred.csv", package = "splice2neo")
parse_mmsplice(in_file)
#> # A tibble: 2,034 × 18
#> ID exons exon_id gene_id gene_name transcript_id delta_logit_psi
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl>
#> 1 17:41197805:AC… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000357… 0.00185
#> 2 17:41197805:AC… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000354… 0.00185
#> 3 17:41197805:AC… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000468… 0.00649
#> 4 17:41197805:AC… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000586… 0.0449
#> 5 17:41197805:AC… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000493… 0.0485
#> 6 17:41197805:AC… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000461… 0.0404
#> 7 17:41197809:CT… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000357… -0.209
#> 8 17:41197809:CT… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000354… -0.209
#> 9 17:41197809:CT… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000468… -0.202
#> 10 17:41197809:CT… chr1… ENSE00… ENSG00… BRCA1 ENST00000586… -0.139
#> # ℹ 2,024 more rows
#> # ℹ 11 more variables: ref_acceptorIntron <dbl>, ref_acceptor <dbl>,
#> # ref_exon <dbl>, ref_donor <dbl>, ref_donorIntron <dbl>,
#> # alt_acceptorIntron <dbl>, alt_acceptor <dbl>, alt_exon <dbl>,
#> # alt_donor <dbl>, alt_donorIntron <dbl>, mut_id <chr>